Sunday, October 27, 2019

Informatik und Mathematik - Daniel Probst ist jetzt bei Real Scientists DE!

Mit großer Vorfreude möchten wir euch unseren neuen Kurator Daniel Probst (@skepteis) vorstellen! Hier ist Daniel in seinen eigenen Worten...

Wie bist du in der Wissenschaft gelandet?
Wohl ein wenig anders als die Meisten. Als Kind war ich unglaublich fasziniert von Physik und Astronomie. Diese Interessen wichen dann in meiner Jugend Computerspielen, Skateboards und E-Gitarren; Schule, Bücher und Lernen hatten für mich kaum mehr eine Bedeutung. Ich begann nach meinem Sekundarschulabschluss (Realschule in DE) eine Berufslehre als Hochbauzeichner, wechselte jedoch nach einem Jahr zu einer Informatiklehre. Nach abgeschlossener vierjähriger Ausbildung zum Informatiker packte mich die Faszination an der Wissenschaft wieder, und so besuchte ich während zwei Jahren berufsbegleitend die technische Berufsmaturitätsschule mit Fokus auf Mathematik, Physik und Chemie. Anschliessend machte ich meinen Bachalor in Informatik, mit Schwerpunkt Computergraphik und Künstliche Intelligenz an der Fachhochschule in Biel. Da mich, wie erwähnt, die Naturwissenschaften seit meiner Kindheit interessierten, entschloss ich mich danach für einen Bioinformatik Master an der Universität Bern, wo ich mich dank einem soliden Informatikwissen auf Biologie fokussieren konnte. Via meiner Masterarbeit landete ich dann in der Gruppe von Prof. Jean-Louis Reymond und somit in der Cheminformatik, wo ich dann auch für mein Doktorat blieb.

Warum hast du dich für dein aktuelles Feld entschieden, und/oder was hält dich dort?
Mein aktuelles Feld, die Cheminformatik, verbindet Informatik, und somit vor allem auch Mathematik, mit Chemie und Biochemie. In unserer Forschungsgruppe fokussieren wir uns vor allem auf die Pharmaforschung, das heisst, die Entdeckung neuer Wirkstoffe und somit letztenendes Medikamenten. Zudem bin ich Teil des interdisziplinären Forschungsnetzwerkes TransCure, welches sich mit Transport- und Kanalproteinen in Zellmembranen beschäftigt. Diese Interdisziplinarität und Breite ist dann auch warum ich mich für dieses Feld entschieden habe und was mich zur Zeit dort hält.

Erzähle uns etwas über deine Arbeit!
Meine Arbeit als Doktorand in der Forschungsgruppe von Jean-Louis Reymond an der Universität Bern hat zwei Ziele: Mit Mathematik Computern helfen Chemie besser zu verstehen und durch Visualisierungen Menschen helfen Daten besser zu verstehen. Die Methoden welche ich entwickle finden dann in der Pharmaforschung Anwendung.

Es geht also zum einen darum, basierend auf Erkenntnissen aus dem Labor Algorithmen und Programme zu entwickeln, welche eine Vorhersage betreffend Eigenschaften und Wirkung von Molekülen machen können. Diese Algorithmen werden dann in sogenannten «Virtual Screenings» eingesetzt, die es den Chemikern oder Biologen erlauben aus einer extrem grossen Menge an möglichen oder verfügbaren Molekülen die erfolgsversprechensten mit Hilfe von Computern herauszufiltern. Wenn man bedenkt, dass die Anzahl an pharmakologisch interessanten und plausiblen Molekülen auf rund 10^60 geschätzt wird, ist die Hilfe von Computern unumgänglich. Zum Vergleich: Die Anzahl von Sternen im Universum wird auf 10^21 geschätzt, die Anzahl an Atomen in und auf der Erde beträgt etwa 10^50.

Umgekehrt ist es wichtig, dass Forschende ihre Erfahrung, Kreativität und Intuition einbringen können. Deshalb beschäftige ich mich auch mit der Entwicklung von Visualisierungsmethoden, die es z.B. Chemikern erlaubt, Moleküldatenbanken mit Millionen von Einträgen visuell zu durchstöbern und so unabhägig von Algorithmen und Modellen, die oft schwer verständlich oder gar undurchschaubar sind, neue und interessante Moleküle zu entdecken, welche vielleicht in Zukunft die Basis für Medikamente und Therapien bilden können.

Warum sollte sich die Öffentlichkeit für deine Forschung/Arbeit interessieren?
Pharmaforschung ist, nicht zuletzt in Zeiten von Antibiotikaresistenzen, ein wichtiges Gebiet. Am Ursprung eines jeden Medikaments steht ein Wirkstoff, dessen Entdeckung und Entwicklung heute nicht länger dem Zufall überlassen wird, sondern durch Erkentnisse aus der Chemie und Biologie, sowie mit Werkzeugen aus der Mathematik und Informatik, vorangetrieben wird. Aufgrund der interdisziplinären Art meiner Arbeit bietet sich so eine interessante und vielleicht neue Perspektive auf diesen Prozess.

Zudem finde ich, dass sich die Öffentlichkeit generell mehr für Forschung interessieren sollte und ich hoffe einen Beitrag zur Förderung dieses Interessens zu leisten.

Hast du irgendwelche interessanten externen/zusätzlichen Aufgaben/Tätigkeiten?
Während meines PhDs war ich an einigen Outreach Projekten beteiltigt, zu denen ich unter anderem Virtual Reality Applikationen beisteuerte, welche dem Publikum die molekulare Welt etwas näher brachte.

Irgendwelche interessanten Hobbies, von denen du uns erzählen möchtest?
Wenn ich mal Zeit habe, spiele ich gerne Gitarre, gucke mit dem Teleskop die Sterne und Planeten an oder versuche mich auf dem Skateboard nicht zu arg zu verletzen. Ich treibe und gucke gerne Sport: Von (Eis)hockey über Sqush und Tennis bis Leichtathletik und Kunstturnen, wobei ich die letzteren nur als Zuschauer geniesse. Dann ist da noch der EHC Biel, der hoffentlich dieses Jahr Schweizer Eishockeymeister wird.

Wie sieht dein idealer freier Tag aus (Forscher sind ja auch nur Menschen)?
Den ganzen Morgen im Bett rumhängen, dann Käse auf dem Teller und im TV. Den Tag durch ein Bisschen Sport und dann am Abend am Punk Rock Konzert in den hinteren Reihen stehen. Nicht zu spät in’s Bett, bin ja keine 20 mehr.

Bitte begrüßt Daniel ganz herzlich bei Real Scientists DE!

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