Farbenfrohe Superorganismen - Bastian Greshake ist jetzt bei Real Scientists DE!

Wir freuen uns sehr, euch heute Bastian Greshake (@gedankenstuecke) als neuen Kurator vorstellen zu dürfen! Bastian ist Doktorand in der Abteilung für Angewandte Bioinformatik an der Goethe Universität in Frankfurt und beschäftigt sich mit 

Die Biologie hat mich schon seit der frühen Schulzeit fasziniert, so war es für mich keine wirklich schwere Entscheidung ein entsprechendes Studium einzuschlagen. Und da die Faszination seitdem nicht weniger geworden ist war der Weg in Wissenschaft vorprogrammiert. 

Evolutionsbiologie und Genetik/Genomik sind zwei Felder die sich gegenseitig extrem stark beeinflussen. Genomische Studien ohne Berücksichtigung der evolutionären Hintergründe und Prozesse ist fast unmöglich, und gleichzeitig erlaubt moderne Genomik uns ein besseres Verständnis von Evolution zu bekommen. Was mich interessiert ist: Wie kommt es zur unglaublichen Artenvielfalt die wir überall um uns herum beobachten können? Und wie hat die evolutionäre Geschichte die heutigen Interaktionen zwischen Arten beeinflusst? 

Für meine Doktorarbeit vergleiche ich die Genome von verschiedenen Flechten. Und ich meine nicht die Hautkrankheiten sondern diese oft farbenfrohen (grün/rot/braunen) Dinge die überall auf Dächern, Bäumen und sogar Steinen/Böden wachsen. Was Flechten so spannend macht ist, dass sie nicht nur einzelner Organismus sind, sondern gleich ein gesamtes, kleines Ökosystem sind. Als symbiotisches System bestehen sie aus einer Kooperation von einem  Pilz, einem Photosythese betreibendem Partner (was eine Alge oder ein Bakterium sein kann) und gleich einer ganzen Gemeinschaft von verschiedenen Bakterien. 
Um zu verstehen, wie diese verschiedenen Organismen interagieren, um einen solchen Superorganismus zu ermöglichen, sequenzieren wir die Genome der beteiligten Organismen, was durch die enge Vermischung der Einzelorganismen an sich schon eine Herausforderung ist. Dies ermöglicht uns schlussendlich zu sehen, welche Partner stabil in diesen Gemeinschaften vorkommen, zu vergleichen wie sich die Genome von Flechten-bildenden und nicht-Flechten-bildenden Pilzen unterscheiden und hoffentlich auch zu sehen wie die Partner miteinander interagieren.
In der Praxis bedeutet es, dass ich mehr oder weniger den ganzen Tag lang an meinem Schreibtisch stehe, um die entsprechenden Daten vorzubereiten, bioinformatische Analysen durchführe und die Ergebnisse auswerte.   

Ökosysteme sind oft etwas extrem großes und komplexes und damit nur schwer für uns fassbar. Flechten, diese unscheinbaren Dinge die überall um uns herum sind, sind Ökosysteme in einem sehr kleinen Massstab. Die Hoffnung hier ist, dass die Erkenntnisse die man im kleinen Masstab gewinnt auch einen Nutzen dafür haben um komplexere Ökosysteme zu verstehen.

Neben meinem Job an der Uni bin ich im Bereich Open Science aktiv. Ein guter Teil dieser Aktivitäten beschäftigt sich mit openSNP, einer offen zugänglichen Datenbank welche „Personal Genomics“-Daten bereitstellt. Jede die schon mal einen Gen-Test über kommerzielle Anbieter wie 23andMe oder andere gemacht hat kann dort ihre so gewonnen Daten hochladen und damit der Allgemeinheit zur Verfügung stellen. Das Ziel ist, dass Wissenschaftler*innen und auch Citizen Scientists überall auf der Welt diese Daten für ihre eigene Forschung nutzen können. Neben der Wartung unserer Systeme, dem Bugfixing etc. verbringe ich viel Zeit mit der Öffentlichkeitsarbeit für das Projekt um mehr Leute über die Möglichkeiten die wir bieten zu informieren. Wenn dann noch Zeit bleibt beschäftige ich mich damit wie Wissenschaftler heutzutage publizieren, z.B. damit das ich die analysiere wie Bezahlschranken zu akademischen Artikeln durch illegale Angebote wie Sci-Hub umgangen werden oder durch Beiträge in entsprechenden Arbeitsgruppen zur Zukunft des „academic publishings“. Diese Dinge dürften auch zu meinen interessantesten Hobbies gehören.

Je nachdem ob man Open Science als Beruf oder Berufung ansieht, gibt es unter Umständen nur wenige wirklich freie Tage für mich. An den „wissenschaftsfreien Tagen“ zieht es mich entweder mit einem Buch auf die Couch oder raus in die Natur, Abends auch gerne auf Konzerte.

Bitte heißt Bastian ganz herzlich bei Real Scientists DE willkommen!